San Juan on Yhdysvalloille kuuluvan Puerto Ricon itsehallintoalueen pääkaupunki ja Puerto Ricon saaren suurin kaupunki. Se on Yhdysvaltain vanhin eurooppalaisen asutuksen keskus. Sen väkiluku vuonna 2000 oli 434 374 ja metropolialueen väkiluku oli samana vuonna yli 2,5 miljoonaa. San Juanin kaupunki perustettiin nykyiselle paikalleen vuonna 1521, ja se on siitä lähtien ollut jatkuvasti asuttu.
San Juanin perusti Espanjan siirtokunnaksi Juan Ponce de León vuonna 1508 hieman nykyisen kaupungin länsipuolelle nimellä Caparra. Seuraavana vuonna se siirrettiin nykyiselle paikalleen, rantaan joka tunnettiin tuohon aikaan nimellä Puerto Rico eli ”rikas satama”. Puerto Ricon saaren nimi oli tuohon aikaan San Juan Bautista eli ”Pyhä Johannes Kastaja”. Vuonna 1521 kasveneesta siirtokunnasta tehtiin kaupunki ja sille annettiin sen virallinen nimi San Juan Bautista de Puerto Rico. Seuranneina vuosisatoina nimet vaihtuivat niin, että Puerto Rico tuli tarkoittamaan saarta ja San Juan kaupunkia.
Espanjan ja Yhdysvaltojen välisessä sodassa 1898 Puerto Rico ja siis myös San Juan siirtyivät Yhdysvalloille, joka on hallinnut saarta siitä pitäen. 1900-luvun kuluessa kaupunki kasvoi espanjalaisen vanhan kaupungin muurien ulkopuolelle, ja sinne muutti paljon väkeä saaren maaseudulta. Toisaalta San Juan on ollut myös lähtöpaikka monille Puerto Ricolta pois muuttaneille siirtolaisille. San Juan on täysin espanjankielinen, ja väestön suuri enemmistö on katolisia kristittyjä. Vuoden 2000 väestönlaskennan tietojen mukaan San Juan on Yhdysvaltain 20. suurin metropolialue.
