Herkimer è una contea dell'area centro-orientale dello Stato di New York negli Stati Uniti.
La contea a nord confina con la contea di St. Lawrence, ad est con le contee di Hamilton, Fulton e di Montgomery, a sud con la contea di Otsego ed a ovest con le contee di Oneida e di Lewis.
Il territorio ricade interamente nella Adirondack Forest Preserve che ha lo scopo di proteggere la natura dei monti Adirondack e dell'area limitrofa. Il territorio è prevalentemente montuoso nell'area orientale e digrada verso occidente. Nell'area meridionale scorre da ovest a est il fiume Mohawk. I fiumi dell'area centro-settentrionale scorrono verso occidente. I principali da nord a sud sono: il ramo occidentale dell'Oswegatchie, Beaver, Moose, Black e West Canada Creek. Quest'ultimo alimenta il lago artificiale della Hinckley Rervoir al confine con la contea di Oneida. Proseguendo il suo corso il West Canada Creek segna parte del confine occidentale con la contea di Oneida per poi sfociare nel fiume Mohawk in corrispondenza di Herkimer, il capoluogo di contea. Numerosi sono i laghi che caratterizzano il paesaggio specie nell'area settentrionale. Tra i laghi principali sono da ricordare i laghi che costituiscono la Fulton Chain Lakes (8 laghi formati dal fiume Moose), il lago Big Moose e la Stillwater Reservoir alimentata dal fiume Beaver.
