Vaupés is een departement in het zuidoosten van Colombia. De hoofdstad van het departement is de stad Mitú. Er wonen ca. 40.000 mensen in het departement, merendeels indianen.
Vaupés heeft een oppervlakte van 54.135 km². Het departement grenst in het noorden en noordwesten aan Guaviare, in het noordoosten aan Guainía en in het oosten aan Brazilië. De rivier de Apoporis is in het zuiden de grens met Amazonas en Caquetá.
Het departement ligt in het Colombiaanse deel van het Amazoneregenwoud, maar ondervindt ook invloeden van de wat drogere vlaktes in het noorden. De temperatuur schommelt tussen de 25 en 30 °C. Het natuurreservaat Nukak ligt deels in Vaupés (en voor de rest in Guaviare). De natuurlijke schoonheid en de weelde aan planten en dieren trekt veel toeristen.
