Судан се намира в северната част на Африка и има 853 km брегова линия на Червено море. С площ от 1 886 068 km² това е втората по големина страна на континента след Алжир. По-голямата част от страната е заета от равнини, прекъснати от няколко планински вериги – Мара на запад, Иматонг с най-високия връх Киниети (3187 m) на юг и хълмистата област край Червено море на изток.
Големите реки Сини Нил и Бели Нил се сливат при столицата Хартум и образуват река Нил, която тече на север през Египет към Средиземно море. По-големи притоци на Сини Нил, дължината на която в границите на Судан е почти 800 km, са Диндер и Рахад, а Бели Нил няма големи притоци. На Сини и Бели Нил са разположени няколко язовира, а на Нил на границата с Египет – голямото изкуствено езеро Нубия.
Към 2001 година 21 вида бозайници, 9 вида птици и 2 вида растения, срещащи се в Судан, са застрашени от изчезване. Сред тях са северният горски ибис, суданският бял носорог, обикновеният бубал, а саблерогият орикс се смята за изчезнал в диво състояние. През май 2007 на остров в блато в южната част на страната е открита неизвестна дотогава група диви слонове, като мястото е пазено в тайна, за да предпази животните от бракониери.
