Το Ουλάν Μπατόρ είχε διάφορα ονόματα κατά τη διάρκεια της ιστορίας του. Από το 1639, οπότε ιδρύθηκε, μέχρι το 1706 ήταν γνωστό σαν Ούργκα (Örgöö), από το 1706 - 1911 ονομαζόταν Ιχ Χιούρεε ή απλώς Χιούρεε (Μογγολικά:Ikh = μεγάλος, Khüree = κατασκήνωση).
Όταν η πόλη έγινε πρωτεύουσα της Λαϊκής Δημοκρατίας της Μογγολίας, μετονομάστηκε σε Ουλάν Μπατόρ («κόκκινος ήρωας»), προς τιμήν του εθνικού ήρωα της χώρας Νταμντίν Σιουχμπαατάρ, οι πολεμιστές του οποίου απελευθέρωσαν τη Μογγολία από την Κινέζικη κατοχή με τη βοήθεια του κόκκινου στρατού.
Το Ουλάν Μπατόρ ιδρύθηκε το 1639 ως μία περιοδεύουσα μονή με την ονομασία Ούργκα (Örgöö) και αποτελούταν από γιούρτες, νομαδικές εγκαταστάσεις με αντίσκηνα.
Αρχικά βρίσκοταν στη λίμνη Σιρέετ Τσαγκάαν στο σημερινό Οβορχανγκάι, περίπου 250 χλμ. από τη σημερινή του τοποθεσία, ενώ προορίζονταν ως έδρα του Ζαναμπαζάρ, πρώτου Τζεμπτσουντάμπα Χουτουγκτού.
Ως περιοδεύων μοναστηριακός οικισμός, συχνά μετακινούταν σε διάφορες περιοχές κατά μήκος των ποταμών Σελέγκε, Ορχόν και Τούουλ, ανάλογα με τις ανάγκες των νομάδων κατοίκων του σε προμήθειες. Κατά τους πολέμους Τζουνγκάρ στα τέλη του 17ου αιώνα, μετακινήθηκε προς την εσωτερική Μογγολία. Με την ανάπτυξη του οικισμού μειώθηκαν και οι μετακινήσεις του και το 1778 η κινητή αυτή πολιτεία εγκαταστάθηκε πλέον μόνιμα στη σημερινή της θέση, κοντά στους ποταμούς Σέλμπε και Τούουλ, και στη διαδρομή των καραβανιών ανάμεσα στο Πεκίνο και την Κιάχτα. Μετά από αίτημα του Γιουντεντόρτζι στον αυτοκράτορα Κιανλόνκ, αναγνωρίστηκε επίσημα η τελετή τιμής στο βουνό Μπογκντ Χαν Ουούλ το 1778, στη σκιά του οποίου βρίσκοταν πλέον το Ουλάν Μπατόρ, εξασφαλίζοντας ετήσιες συνδρομές για την πόλη. Η πόλη έγινε έδρα όχι μόνο του Τζεμπτσουντάμπα Χουτουγκτού, αλλά και των απεσταλμένων της κινεζικής δυναστείας των Κινγκ. Έτσι, μία μόνιμη κινεζική εμπορική πολιτεία αναπτύχθηκε για χιλιόμετρα ανατολικά του κέντρου της πόλης, κατά μήκος της εμπορικής διαδρομής. Από το 1778, η πόλη της Ούργκα είχε περίπου 10.000 μοναχούς που τηρούσαν ευλαβικά μοναστικούς κανόνες. Παράλληλα, η πόλη δεχόταν επισκέψεις αρκετών ξένων αποστολών και ταξιδιωτών, ενώ το 1806 έφτασε στην πόλη αποστολή 130 ανδρών από τη Ρωσία και το 1863 ιδρύθηκε εκεί το ρωσικό προξενείο.
