Jonavos rajono savivaldybė är en kommun i Litauen. Den ligger i länet Kaunas län, i den centrala delen av landet, 80 km nordväst om huvudstaden Vilnius. Antalet invånare är 44,481. Arean är 944 kvadratkilometer. Jonavos rajono savivaldybė gränsar till Kėdainių rajono savivaldybė, Ukmergės rajono savivaldybė, Шырвінцкі раён, Rejon koszedarski och Kauno rajono savivaldybė.
Terrängen i Jonavos rajono savivaldybė är platt.
Följande samhällen finns i Jonavos rajono savivaldybė:
* Rukla
* Liepiai
Trakten ingår i den hemiboreala klimatzonen. Årsmedeltemperaturen i trakten är 5 °C. Den varmaste månaden är juli, då medeltemperaturen är 19 °C, och den kallaste är januari, med -11 °C.