Sandakan, Malezya'nın Sabah eyaletinde bulunan bir şehirdir. Şehir Borneo Adası'nın kuzeydoğusunda Sulu Denizi kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 2.226 km2 olan şehrin nüfusu 2010 yılı itibarı ile 396.290'dır.
Sandakan daha önceden Sulu Sultanlığı ve Britanya Kuzey Borneosu'nun başkentiydi. II. Dünya Savaşı sırasında ağır zarar görmüştür. Şehre Sandakan Havalimanı hizmet vermektedir.