Joniškis er en by i det nordlige Litauen med et indbyggertal på 10.312(2011). Byen er hovedsæde i Joniškis distriktskommune, der ligger i Šiauliai apskritis, 14 km syd for grænsen til nabolandet Letland og 40 km nord for Šiauliai.
Joniškis er opkaldt efter Vilnius' biskop Jonas, der besluttede at bygge en kirke på stedet i 1523. På andre sprog hedder byen: Janiszki, Янишки, Яні́шкі , יאנישאק , Jonischken og Jonišķi.